Pada zaman dahulu kala, hidup sepasang suami istri yang sedang dalam perjalanan mencari makanan. Di tengah hutan, mereka menemukan 6 buah telur naga di tepi sungai Waikeo. Sepasang suami istri ini berniat untuk memasak ke enam telur tadi, sebelum dimasak mereka menyimpannya di dalam kamar.
Ketika hendak dimasak, empat dari telur tersebut menetas dan keluar 5 manusia: 4 laki-laki dan 1 perempuan dengan nama War, Betani, Dohar, Muhammad dan seorang perempuan yang bernama Pintolee.
Singkat cerita, kelima anak manusia ini tumbuh besar, hingga suatu saat Pintolee kedapatan hamil di luar nikah. Pintolee di hukum dengan menghanyutkannya di lautan dengan memasukannya ke dalam kulit bia (kerang besar) sampai terdampar di Pulau Numfor.
Sedangkan keempat saudara dari Pintolee berpisah dan menjadi raja di empat pulau besar yang berbeda. War di angkat menjadi raja di pulau Waigeo, Betani diangkat di Salawati, Dohar di Lilinta, dan Muhammad di Waiga.
Sedangkan, telur naga yang tidak menetas hingga saat ini masih disimpan dan mendapat penghormatan khusus dari masyarakat setempat. Dari kisah tersebutnya asal muasal nama dari tempat yang menjadi destinasi wisata dunia saat ini.
Kecantikan Raja Ampat ternyata baru mulai mendunia pada tahun 1990. Saat itu, seperti ditulis seorang penyelam berkebangsan Belanda bernama Max Ammer mengunjungi kawasan ini. Tujuannya awalnya adalah menelusuri keberadaan pesawat dan kapal yang digunakan dalam Perang Dunia II yang diperkirakan karam di kawasasan tersebut.
Ternyata Max Ammer sangat terpesona dengan keragaman biota di Raja Ampat, sehingga pada tahun 1998 ia mengajak Gerry Allen, seorang ahli perikanan dari Australia, untuk mengadakan survei di tempat ini.
Buat yang “kurang suka” menyelam, Raja Ampat juga sangat seru untuk berbagai macam aktivitas termasuk trekking, melihat-lihat kekayaan flora dan fauna, termasuk burung-burungnya. Raja Ampat juga dikenal sebagai surga burung, selain itu, wisatawan juga bisa mengunjungi desa-desa adat, singgah dari satu pulau ke pulau lainnya (ada 610 pulau di Raja Ampat), kayaking, sampai santai-santai di surga.